合作建房纠纷，涉案金额400万

案情描述： 甲方：地主方，乙方：投资方 合作建房合同主要约定： 1.合作模式：2010年，甲方出400平方地与乙方共建，甲乙双方按前后切割各获一半土地使用权，乙方建一栋完整的6层楼给甲方。 2.乙方负责办理双方的独立房产权，同时缴纳40万保证金，每推迟1年办好，扣除保证金10万，直到办成。 现状：在房屋建造过程中，政府批准5层半，但乙方已为甲方盖楼6层，乙方自行盖楼9层，目前正常使用。现因为涉及违建，批复的施工图是前后合体一栋5层楼，实际建造为前后切割各成一栋独立的楼，且楼层数超原批复5层办，实际盖房与批复的施工图不一致，无法办理独立的房屋证书。请求下一步如何处理，最大化甲方利益。