入职收取档案费并且签订了合同协议书合法吗

答：这取决于合同中的内容，但入职收取档案费以及签订合同协议书本身都是合法的行为。根据《中华人民共和国合同法》第三条规定，双方当事人通过自愿订立书面合同形式订立的合同有效；另外，根据《中华人民共和国劳动法》第七十一条规定，用人单位在受录用的劳动者入职前和劳动者达成的可以约定收取档案费的其他相关协议是可以行得通的。但是，在此情况下，应当采取方式确保合同与有关法律的规定相一致，以确保合同的有效性。